La cantera del Deportivo Independiente Medellín es su patrimonio más importante, en ella se forjan los talentos que nutrirán a futuro el plantel profesional y se desarrollan todos los aspectos vitales en el crecimiento de los seres humanos que van más allá del deporte. En los últimos años, las categorías han crecido enormemente, viéndose reflejado en la temporada 2018, en la que obtuvieron múltiples títulos y grandes participaciones en los torneos nacionales.
Las fuerzas básicas están compuestas por profesionales a la altura de los retos. Entrenadores, preparadores físicos, staff médicos; todo esto con la supervisión de la gerencia deportiva de la institución. El objetivo máximo es la promoción de jugadores al primer equipo, todo esto basado en un proyecto reconocido por la Federación Colombiana de Fútbol como el mejor del país.
Las divisiones menores participan en los campeonatos que organiza la Liga Antioqueña de Fútbol y en los campeonatos nacionales. Este buen proceso se nota además en las convocatorias de los jugadores del club a la Selección Antioquia y a las Selecciones Colombia juveniles.

Categorías
Liga Antioqueña de Fútbol
Sub 11
Sub 12
Sub 13
Sub 14
Sub 15
Sub 16
Primera C
Primera A

Torneos Nacionales
Sub 17
Sub 20